Кристиан Фрай родился в 1959 году в Шёненверде (Швейцария), учился на факультете журналистики и коммуникаций Фрибургского университета.
В 1981 году снял свою первую документальную короткометражку. C самого начала Фрай приобрел репутацию тонкого, наблюдательного и требовательного к себе документалиста, умеющего проникнуть в суть затронутой темы. В 1997 году он снял на Кубе свой первый полнометражный документальный фильм «Рикардо,Мириам и Фидель», яркий портрет отца и дочери, которая разрывается между верой в революционные идеалы и желанием эмигрировать в США. Фрай критически смотрит на кубинское общество, но оставляет выбор зрителю, чтобы тот мог сформировать собственное мнение.
«Военный фотограф» (2001), номинированный на «Оскар» и получивший многочисленные призы во всем мире, стал переломным моментом в его карьере. Кристиан Фрай два года снимал военного фотокорреспондента Джеймса Нахтвея в местах военных конфликтов по всему миру. Сегодня этот по-прежнему популярный у зрителей и критиков фильм, считается классикой. В «Великих Буддах» Фрай снова обращается к максимально актуальному событию: расстрелу двух гигантских статуй Будды в отдаленной долине Бамиан в Афганистане. «Для меня этот фильм – гимн плюрализму мнений, религий и культур», – говорит режиссер.
На кинофестивале Сандэнс Кристиан Фрай выиграл приз лучшему режиссеру за «Космических туристов» (2009). Критики хвалили этот фильм за его захватывающий изобразительный ряд и богатство идей, укрепив репутацию Фрая как одного из самых оригинальных и изобретательных режиссеров. В 2014 году на фестивале в Нионе состоялась премьера фильма «Нью-йоркская бессонница». Фрай погружается в безумные ночи трех недавно отвергнутых влюбленных. Биоантрополог Хелен Фишер рассказывает о поразительных процессах, которые разворачиваются в мозгу тех, кто страдает от неразделенной любви. В настоящее время Фрай заканчивает новый документальный проект «Генезис 2.0» в сотрудничестве с якутским режиссером Максимом Арбугаевым. Фильм будет посвящен охотникам за останками мамонтов и генетикам.
С 2006 года Кристиан Фрей читает лекции по теории обучаемости в известном Университете Санкт-Галлена. С августа 2010 года он является президентом Швейцарской киноакадемии.
Кристиан Фрай — председатель жюри Конкурса документального кино на 39-м Московском Международном кинофестивале